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#1 2024-09-19 13:21:37

linux_one
Member
Registered: 2022-03-11
Posts: 5

[SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

Hi,
I have this error in attempting upgrade my system about 30 minutes ago:

error: failed to commit transaction (conflicting files)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize.plugin exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/__init__.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/signals.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/viewactivatable.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
Errors occurred, no packages were upgraded.

The complete command;

rachid@archlinux:~$ sudo pacman -Syu
[sudo] password for rachid: 
:: Synchronizing package databases...
 core                                                                                  117.2 KiB   227 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 extra                                                                                   7.4 MiB  2.22 MiB/s 00:03 [####################################################################] 100%
 multilib                                                                              133.7 KiB   910 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
:: Starting full system upgrade...
:: Replace tracker3 with extra/tinysparql? [Y/n] y
:: Replace tracker3-miners with extra/localsearch? [Y/n] y
resolving dependencies...
looking for conflicting packages...

Package (134)                              Old Version     New Version     Net Change  Download Size

extra/adwaita-cursors                      46.2-1          47.0-1            0.00 MiB       0.30 MiB
extra/adwaita-icon-theme                   46.2-1          47.0-1            0.00 MiB       0.20 MiB
extra/adwaita-icon-theme-legacy            46.2-1          46.2-3            0.12 MiB       2.17 MiB
extra/apr                                  1.7.4-1         1.7.5-3           0.00 MiB       0.27 MiB
extra/apr-util                             1.6.3-1         1.6.3-2           0.00 MiB       0.16 MiB
extra/at-spi2-core                         2.52.0-1        2.54.0-1          0.03 MiB       0.55 MiB
extra/baobab                               46.0-1          47.0-1            0.05 MiB       0.34 MiB
extra/cmake                                3.30.3-1        3.30.3-2          0.00 MiB      11.58 MiB
core/curl                                  8.10.0-1        8.10.1-1          0.00 MiB       1.10 MiB
extra/d-spy                                1.10.0-1        47.0-1            0.03 MiB       0.09 MiB
extra/electron27                           27.3.11-6       27.3.11-7         0.16 MiB      63.82 MiB
extra/eog                                  45.4-1          47.0-1            0.00 MiB       1.19 MiB
extra/epiphany                             46.4-1          47.0-1            0.24 MiB       2.25 MiB
extra/evolution                            3.52.4-3        3.54.0-1          0.49 MiB      12.20 MiB
extra/evolution-data-server                3.52.4-1        3.54.0-1          0.11 MiB       4.09 MiB
extra/firefox                              130.0-1         130.0.1-1         0.76 MiB      69.85 MiB
extra/gdm                                  46.2-2          47.0-1           -0.10 MiB       0.81 MiB
extra/gedit                                47.0-2          48.0-1           -0.56 MiB       1.76 MiB
extra/ghostscript                          10.03.1-1       10.04.0-1         0.18 MiB      19.66 MiB
extra/git                                  2.46.0-2        2.46.1-1          0.00 MiB       6.47 MiB
extra/gjs                                  2:1.80.2-2      2:1.82.0-1        0.43 MiB       0.53 MiB
core/glib2                                 2.80.5-1        2.82.0-1          0.11 MiB       4.89 MiB
core/glib2-docs                            2.80.5-1        2.82.0-1          2.63 MiB       4.26 MiB
extra/glibmm-2.68                          2.80.1-1        2.82.0-1          0.01 MiB       1.06 MiB
extra/glslang                              14.2.0-1        14.3.0-1          0.06 MiB       2.49 MiB
extra/gnome-app-list                                       1.0-1             0.03 MiB       0.00 MiB
extra/gnome-backgrounds                    46.0-1          47.0-1           -7.61 MiB      12.23 MiB
extra/gnome-bluetooth-3.0                  46.1-1          47.0-2           -0.02 MiB       0.26 MiB
extra/gnome-boxes                          46.1-2          47.0-1           -0.13 MiB       0.86 MiB
extra/gnome-builder                        46.3-2          47.0-1            0.45 MiB      10.55 MiB
extra/gnome-calculator                     46.1-1          47.0-1           -0.23 MiB       1.89 MiB
extra/gnome-calendar                       46.1-2          47.0-1            0.20 MiB       0.50 MiB
extra/gnome-characters                     46.0-2          47.0-1            0.22 MiB       0.40 MiB
extra/gnome-contacts                       46.0-1          47.0-1            0.06 MiB       0.46 MiB
extra/gnome-control-center                 46.4-1          47.0.1-1         -0.85 MiB       5.87 MiB
extra/gnome-font-viewer                    46.0-2          47.0-1            0.04 MiB       0.20 MiB
extra/gnome-keybindings                    46.4-1          47.0.1-1          0.00 MiB       0.01 MiB
extra/gnome-mahjongg                       3.40.1-1        47.0-1           -1.23 MiB       1.85 MiB
extra/gnome-maps                           46.11-1         47.0-1            0.13 MiB       1.14 MiB
extra/gnome-music                          1:46.1-1        1:47.0-1          0.02 MiB       0.42 MiB
extra/gnome-online-accounts                3.50.5-1        3.52.0-1          0.10 MiB       0.38 MiB
extra/gnome-remote-desktop                 46.5-1          47.0-2            0.11 MiB       0.34 MiB
extra/gnome-session                        46.0-2          47.0-1            0.01 MiB       0.32 MiB
extra/gnome-settings-daemon                46.0-2          47.1-1            0.10 MiB       0.93 MiB
extra/gnome-shell                          1:46.5-1        1:47.0-1          0.05 MiB       1.74 MiB
extra/gnome-shell-extension-dash-to-panel  62-2            62-3              0.00 MiB       0.20 MiB
extra/gnome-shell-extensions               46.2-1          47.0-1            0.01 MiB       0.15 MiB
extra/gnome-software                       46.5-1          47.0-1            2.13 MiB       2.32 MiB
extra/gnome-sudoku                         46.3-1          47.0-1            0.04 MiB       0.36 MiB
extra/gnome-system-monitor                 46.0-2          47.0-2            0.15 MiB       0.82 MiB
extra/gnome-terminal                       3.52.2-1        3.54.0-1          0.00 MiB       1.22 MiB
extra/gnome-user-docs                      46.4-1          47.0-1            0.48 MiB      10.04 MiB
extra/gnome-user-share                     43.0-2          47.0-1           -0.02 MiB       0.06 MiB
extra/gnome-weather                        46.0-1          47.0-1            0.02 MiB       0.15 MiB
core/gnupg                                 2.4.5-4         2.4.5-5           0.03 MiB       2.70 MiB
extra/gobject-introspection-runtime        1.80.1-3        1.82.0-1          0.07 MiB       0.03 MiB
extra/gsettings-desktop-schemas            46.1-2          47.1-1            0.22 MiB       0.72 MiB
extra/gsettings-system-schemas             46.1-2          47.1-1            0.00 MiB       0.01 MiB
extra/gtk-update-icon-cache                1:4.14.5-1      1:4.16.1-1        0.00 MiB       0.02 MiB
extra/gtk3                                 1:3.24.43-2     1:3.24.43-3       0.00 MiB       8.43 MiB
extra/gtk4                                 1:4.14.5-1      1:4.16.1-1       -2.48 MiB       8.44 MiB
extra/gtkmm-4.0                            4.14.0-1        4.16.0-1          0.13 MiB       1.45 MiB
extra/gtksourceview5                       5.12.1-1        5.14.0-1          0.01 MiB       0.99 MiB
extra/gts                                  0.7.6.121130-2  0.7.6.121130-3   -0.01 MiB       0.20 MiB
extra/gumbo-parser                         0.12.1-1        0.12.1-2         -0.02 MiB       0.12 MiB
extra/gvfs                                 1.54.2-1        1.56.0-1          0.01 MiB       0.95 MiB
extra/gvfs-afc                             1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.04 MiB
extra/gvfs-goa                             1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.03 MiB
extra/gvfs-google                          1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.03 MiB
extra/gvfs-gphoto2                         1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.04 MiB
extra/gvfs-mtp                             1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.04 MiB
extra/gvfs-nfs                             1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.02 MiB
extra/gvfs-smb                             1.54.2-1        1.56.0-1          0.00 MiB       0.03 MiB
core/iproute2                              6.10.0-2        6.11.0-1          0.01 MiB       1.10 MiB
extra/js128                                                128.2.0-1        75.60 MiB      14.18 MiB
core/json-c                                0.17-2          0.18-1            0.00 MiB       0.06 MiB
extra/jsoncpp                              1.9.5-3         1.9.6-3           0.02 MiB       0.16 MiB
extra/libadwaita                           1:1.5.4-1       1:1.6.0-1         2.00 MiB       0.81 MiB
extra/libavif                              1.1.1-1         1.1.1-2           0.00 MiB       0.17 MiB
extra/libdex                               0.6.1-1         0.8.0-1           0.01 MiB       0.08 MiB
extra/libedataserverui4                    3.52.4-1        3.54.0-1          0.00 MiB       0.09 MiB
extra/libgdm                               46.2-2          47.0-1            0.00 MiB       0.09 MiB
extra/libgedit-amtk                        5.8.0-2         5.9.0-1          -0.01 MiB       0.09 MiB
extra/libgedit-gfls                        0.1.0-1         0.2.0-1           0.05 MiB       0.03 MiB
extra/libgedit-gtksourceview               299.2.1-1       299.3.0-1        -0.02 MiB       0.64 MiB
extra/libgedit-tepl                        6.10.0-3        6.11.0-1          0.08 MiB       0.26 MiB
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 gedit-48.0-1-x86_64                                                                  1800.3 KiB  2046 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 gnome-shell-1:47.0-1-x86_64                                                          1785.0 KiB  2.02 MiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 poppler-24.09.0-2-x86_64                                                             1640.1 KiB  2.01 MiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 syntax-highlighting-6.6.0-1-x86_64                                                   1560.6 KiB  2.01 MiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 gtkmm-4.0-4.16.0-1-x86_64                                                            1483.1 KiB  2043 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
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 glibmm-2.68-2.82.0-1-x86_64                                                          1080.9 KiB  1951 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 tinysparql-3.8.0-1-x86_64                                                            1063.7 KiB  1934 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 rygel-1:0.44.0-1-x86_64                                                              1042.9 KiB  1942 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 gtksourceview5-5.14.0-1-x86_64                                                       1011.1 KiB  1919 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
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 gnome-settings-daemon-47.1-1-x86_64                                                   953.6 KiB  1892 KiB/s 00:01 [####################################################################] 100%
 gnome-boxes-47.0-1-x86_64                                                             884.8 KiB  1883 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
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 gsettings-desktop-schemas-47.1-1-any                                                  737.7 KiB  1812 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
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 gumbo-parser-0.12.1-2-x86_64                                                          126.1 KiB   803 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libpeas-2-2.0.5-1-x86_64                                                              108.8 KiB   777 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 d-spy-47.0-1-x86_64                                                                    94.2 KiB   544 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libgdm-47.0-1-x86_64                                                                   93.3 KiB   735 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libedataserverui4-3.54.0-1-x86_64                                                      91.2 KiB   741 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 sushi-46.0-2-x86_64                                                                    88.6 KiB   681 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libgedit-amtk-5.9.0-1-x86_64                                                           87.3 KiB   672 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libdex-0.8.0-1-x86_64                                                                  84.9 KiB   653 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 sdl2_image-2.8.2-5-x86_64                                                              68.1 KiB   567 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libspelling-0.4.0-1-x86_64                                                             68.0 KiB   567 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gnome-user-share-47.0-1-x86_64                                                         58.7 KiB   708 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 json-c-0.18-1-x86_64                                                                   58.1 KiB   726 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 vte-common-0.78.0-1-x86_64                                                             55.7 KiB   733 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libsynctex-2024.2-3-x86_64                                                             48.2 KiB   651 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libsysprof-capture-47.0-1-x86_64                                                       47.2 KiB   674 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 python-pytz-2024.2-1-any                                                               46.4 KiB   478 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 ruby-rss-0.3.1-1-any                                                                   46.0 KiB   631 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-mtp-1.56.0-1-x86_64                                                               45.9 KiB   629 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-gphoto2-1.56.0-1-x86_64                                                           45.8 KiB   654 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-afc-1.56.0-1-x86_64                                                               41.8 KiB   597 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libgedit-gfls-0.2.0-1-x86_64                                                           34.6 KiB   494 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gobject-introspection-runtime-1.82.0-1-x86_64                                          33.9 KiB   390 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 tecla-47.0-1-x86_64                                                                    32.9 KiB   491 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 libnautilus-extension-47.0-2-x86_64                                                    32.3 KiB   482 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-google-1.56.0-1-x86_64                                                            29.4 KiB   439 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-smb-1.56.0-1-x86_64                                                               28.3 KiB   449 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-goa-1.56.0-1-x86_64                                                               27.3 KiB   408 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gvfs-nfs-1.56.0-1-x86_64                                                               19.9 KiB   272 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 python-trove-classifiers-2024.9.12-1-any                                               19.0 KiB   316 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gtk-update-icon-cache-1:4.16.1-1-x86_64                                                17.7 KiB   282 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gnome-keybindings-47.0.1-1-x86_64                                                       7.7 KiB  65.8 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gsettings-system-schemas-47.1-1-any                                                     5.9 KiB   110 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 gnome-app-list-1.0-1-any                                                                4.7 KiB  81.7 KiB/s 00:00 [####################################################################] 100%
 Total (132/132)                                                                       618.4 MiB  2.02 MiB/s 05:06 [####################################################################] 100%
(132/132) checking keys in keyring                                                                                 [####################################################################] 100%
(132/132) checking package integrity                                                                               [####################################################################] 100%
(132/132) loading package files                                                                                    [####################################################################] 100%
(132/132) checking for file conflicts                                                                              [####################################################################] 100%
error: failed to commit transaction (conflicting files)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize.plugin exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/__init__.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/signals.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
gedit: /usr/lib/gedit/plugins/textsize/viewactivatable.py exists in filesystem (owned by gedit-plugins)
Errors occurred, no packages were upgraded.
rachid@archlinux:~$

The 'pacman.conf' file:

#
# /etc/pacman.conf
#
# See the pacman.conf(5) manpage for option and repository directives

#
# GENERAL OPTIONS
#
[options]
# The following paths are commented out with their default values listed.
# If you wish to use different paths, uncomment and update the paths.
#RootDir     = /
#DBPath      = /var/lib/pacman/
#CacheDir    = /var/cache/pacman/pkg/
#LogFile     = /var/log/pacman.log
#GPGDir      = /etc/pacman.d/gnupg/
#HookDir     = /etc/pacman.d/hooks/
HoldPkg     = pacman glibc
#XferCommand = /usr/bin/curl -L -C - -f -o %o %u
#XferCommand = /usr/bin/wget --passive-ftp -c -O %o %u
#CleanMethod = KeepInstalled
Architecture = auto

# Pacman won't upgrade packages listed in IgnorePkg and members of IgnoreGroup
#IgnorePkg   =
#IgnoreGroup =

#NoUpgrade   =
#NoExtract   =

# Misc options
#UseSyslog
Color
#NoProgressBar
CheckSpace
VerbosePkgLists
#ParallelDownloads = 5
DownloadUser = alpm
#DisableSandbox

# By default, pacman accepts packages signed by keys that its local keyring
# trusts (see pacman-key and its man page), as well as unsigned packages.
SigLevel    = Required DatabaseOptional
LocalFileSigLevel = Optional
#RemoteFileSigLevel = Required

# NOTE: You must run `pacman-key --init` before first using pacman; the local
# keyring can then be populated with the keys of all official Arch Linux
# packagers with `pacman-key --populate archlinux`.

#
# REPOSITORIES
#   - can be defined here or included from another file
#   - pacman will search repositories in the order defined here
#   - local/custom mirrors can be added here or in separate files
#   - repositories listed first will take precedence when packages
#     have identical names, regardless of version number
#   - URLs will have $repo replaced by the name of the current repo
#   - URLs will have $arch replaced by the name of the architecture
#
# Repository entries are of the format:
#       [repo-name]
#       Server = ServerName
#       Include = IncludePath
#
# The header [repo-name] is crucial - it must be present and
# uncommented to enable the repo.
#

# The testing repositories are disabled by default. To enable, uncomment the
# repo name header and Include lines. You can add preferred servers immediately
# after the header, and they will be used before the default mirrors.

#[core-testing]
#Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

[core]
Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

#[extra-testing]
#Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

[extra]
Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

# If you want to run 32 bit applications on your x86_64 system,
# enable the multilib repositories as required here.

#[multilib-testing]
#Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

[multilib]
Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

# An example of a custom package repository.  See the pacman manpage for
# tips on creating your own repositories.
#[custom]
#SigLevel = Optional TrustAll
#Server = file:///home/custompkgs

Last edited by linux_one (2024-09-20 11:15:03)

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#2 2024-09-19 13:28:06

Trilby
Inspector Parrot
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Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

That appears to be a packaging bug as I can confirm that (at least one of) those files indeed belongs to both packages and the packages do not conflict:

$ pacman -F textsize.plugin
extra/gedit 48.0-1
    usr/lib/gedit/plugins/textsize.plugin
extra/gedit-plugins 47.1-1
    usr/lib/gedit/plugins/textsize.plugin
extra/xed 3.6.6-2 (x-apps)
    usr/lib/xed/plugins/textsize.plugin

Check the bug tracker, and if not already reported there you can open a packaging bug.


"UNIX is simple and coherent" - Dennis Ritchie; "GNU's Not Unix" - Richard Stallman

Offline

#3 2024-09-19 13:28:17

Scimmia
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Registered: 2012-09-01
Posts: 12,084

Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

gedit-plugins wasn't updated to version 48 when gedit was. This is a packaging bug.

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#4 2024-09-19 14:17:10

linux_one
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Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

I don't have an account in GitLab, the registrations are temporarily disabled.

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#5 2024-09-19 16:01:09

seth
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Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

https://archlinux.org/packages/extra/x8 … t-plugins/ is flagged out of date, latest upstream release is 48 which will likely resolve the conflict because of https://gitlab.gnome.org/World/gedit/ge … b46ea5b57c

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#6 2024-09-19 16:50:11

linux_one
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Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

I upgraded my system after preventing gedit from updating with this command:

sudo pacman -Syu --ignore=gedit

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#7 2024-09-20 11:13:16

linux_one
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Re: [SOLVED] failed to commit transaction (conflicting files)

gedit-plugins 48.0-1 released and 'conflicting files' error fixed.

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